Circos: эстетическое представление данных в сравнительной геномике

Мы создали инструмент визуализации под названием Circos для облегчения выявления и анализа сходств и различий, обнаруживаемых при сравнении геномов. Инструмент позволяет эффективно отображать вариабельность структуры генома и в целом любые другие позиционные взаимосвязи между геномными интервалами. Такие данные регулярно получают при выравнивании последовательностей, использовании гибридизационных массивов, картировании генома и генотипировании. В Circos применяется круговая идеограмма, на которой взаимосвязи между парами позиций отображаются с помощью лент, кодирующих положение, размер и ориентацию связанных геномных элементов. Circos поддерживает представление данных в виде диаграмм рассеяния, линейных графиков и гистограмм, тепловых карт, блоков, соединительных линий и текста. На основе входных данных в формате GFF и иерархических конфигурационных файлов, которые легко создавать с помощью автоматизированных инструментов, можно формировать растровые или векторные изображения. Благодаря этому Circos подходит для быстрого внедрения в конвейеры анализа данных и подготовки отчётности.