edgeR: пакет Bioconductor для анализа дифференциальной экспрессии цифровых данных экспрессии генов

Сводка: Ожидается, что в ближайшем будущем технологии цифровой экспрессии генов (DGE) во многих задачах функциональной геномики вытеснят микрочиповые технологии. Одна из основных задач анализа данных, особенно в исследованиях экспрессии генов, — определить, имеются ли статистически значимые различия в количестве транскриптов или экзонов между экспериментальными условиями. edgeR — программный пакет Bioconductor для анализа дифференциальной экспрессии в данных подсчёта с повторными измерениями. Для учёта биологической и технической вариабельности используется модель Пуассона со сверхдисперсией. С помощью эмпирических байесовских методов степень сверхдисперсии для разных транскриптов сглаживается, что повышает надёжность статистических выводов. Метод можно применять даже при минимальном числе повторов, если повторно исследован хотя бы один фенотип или одно экспериментальное условие. Помимо данных секвенирования, программный пакет может найти применение в других задачах, например при анализе данных подсчёта пептидов протеома.

Доступность: Пакет распространяется бесплатно по лицензии LGPL на сайте Bioconductor (http://bioconductor.org).