Быстрое выравнивание ридов с пропусками с помощью Bowtie 2
Fast gapped-read alignment with Bowtie 2
Аннотация
По мере увеличения объёма секвенирования от программ выравнивания ридов требуется более высокая пропускная способность. Для быстрого выравнивания при небольшом потреблении памяти часто используют полнотекстовый индекс (FM-индекс), однако такой подход плохо подходит для поиска более длинных выравниваний с пропусками. Bowtie 2 сочетает преимущества полнотекстового индекса с гибкостью и высокой скоростью алгоритмов динамического программирования, ускоренных аппаратными средствами, обеспечивая одновременно высокую скорость, чувствительность и точность.
Переведем эту статью за 1 час
Загрузите PDF, а мы сделаем полный перевод, краткий конспект и красивую инфографику.
Попробовать бесплатно →Также в Подтеме: еженедельные литобзоры, база международных клинреков и конспекты свежих мед. статей и подкастов каждый день.