Подбор праймеров для ПЦР в реальном времени (qPCR) с помощью бесплатных онлайн-программ

ПЦР в реальном времени (количественная ПЦР, qPCR) стала предпочтительным методом проверки результатов исследований профилей экспрессии генов. Метод основан на полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией (ОТ-ПЦР) в сочетании с флуоресцентной детекцией, что позволяет измерять различия в уровне транскриптов между образцами. Чаще всего используют четыре системы флуоресцентной детекции: красители SYBR® Green и зонды TaqMan®, Molecular Beacon или Scorpion. Краситель SYBR® Green прост в применении и экономичен. Поскольку он связывается с любым продуктом двуцепочечной ДНК, успех анализа во многом зависит от правильного подбора праймеров. Существуют различные бесплатные онлайн-программы для подбора праймеров для qPCR с детекцией SYBR® Green. Это лабораторное практическое занятие предназначено для тех, кто знаком с основами ПЦР. В нём рассматриваются основные системы флуоресцентной детекции в ПЦР в реальном времени, базовые правила подбора праймеров и типичные ошибки; также приводится пошаговый протокол подбора праймеров для SYBR® Green с помощью бесплатных онлайн-программ.