Выявление слабой популяционной структуры с использованием информации о группах образцов

Для получения информативных результатов алгоритмам генетической кластеризации требуется определённый объём данных. В распространённой ситуации, когда отбор образцов проводят в нескольких местах, мы показываем, как информацию о группах образцов можно использовать для повышения качества результатов при ограниченном объёме данных. Для программы STRUCTURE разработаны новые модели как для случаев смешения популяций, так и для случаев его отсутствия. Эти модели изменяют априорное распределение принадлежности каждого индивида к популяции. Новые априорные распределения допускают различия между местами отбора в доле индивидов, отнесённых к определённому кластеру. Модели протестированы на смоделированных данных и проиллюстрированы на микросателлитных данных Панели разнообразия генома человека CEPH. Мы показываем, что новые модели позволяют выявлять структуру при меньшей степени дивергенции или меньшем объёме данных, чем исходные модели STRUCTURE или метод главных компонент, и не приводят к смещению в сторону выявления структуры при её отсутствии. Эти модели реализованы в новой версии STRUCTURE, которая находится в свободном доступе по адресу http://pritch.bsd.uchicago.edu/structure.html.