Сравнение последовательностей полных хлоропластных геномов для выбора некодирующих участков в филогенетических исследованиях покрытосеменных: черепаха и заяц III

Хотя хлоропластный геном содержит множество некодирующих участков, лишь немногие из них использовались в межвидовых филогенетических и внутривидовых филогеографических исследованиях. В ходе недавней оценки филогенетической информативности 21 некодирующего участка хлоропластного генома мы установили, что наиболее широко используемые участки относятся к наименее вариабельным, тогда как более вариабельные участки применялись редко. Это исследование позволило предположить, что в хлоропластном геноме могут существовать ещё не изученные участки с более высокой относительной вариабельностью. Чтобы оценить потенциальную вариабельность ранее не исследованных участков, мы сравнили три пары последовательностей однокопийных хлоропластных геномов, относящихся к трём филогенетически удалённым линиям покрытосеменных: Atropa и Nicotiana (астериды), Lotus и Medicago (розиды), а также Saccharum и Oryza (однодольные). При сравнении каждой из трёх пар последовательностей были выявлены 13 мутационных «горячих точек», которые могли оказаться более вариабельными, чем лучшие участки, обнаруженные в предыдущем исследовании. Эти 13 участков были отобраны для более детального анализа. Мы показываем, что девять из них (rpl32-trnL((UAG)), trnQ((UUG))-5'rps16, 3'trnV((UAC))-ndhC, ndhF-rpl32, psbD-trnT((GGU)), psbJ-petA, 3'rps16-5'trnK((UUU)), atpI-atpH и petL-psbE) характеризуются более высокой вариабельностью, чем лучшие участки, выявленные в нашем предыдущем исследовании, и поэтому, вероятно, являются оптимальным выбором для молекулярных исследований на низких таксономических уровнях.