Программное обеспечение для вычислений с геномными интервалами и их аннотирования

Описана инфраструктура Bioconductor для представления аннотированных геномных интервалов, выполнения вычислений с ними и интеграции геномных данных со статистическими средствами R и его расширений. В основе инфраструктуры лежат три пакета: IRanges, GenomicRanges и GenomicFeatures. Они предоставляют масштабируемые структуры данных для представления аннотированных участков генома, в том числе транскриптов, выравниваний прочтений и векторов покрытия. Вычислительные средства включают эффективные алгоритмы поиска перекрытий и ближайших соседей, расчёта покрытия и выполнения других операций с интервалами. Эта инфраструктура непосредственно поддерживает более 80 других пакетов Bioconductor, в том числе предназначенных для анализа последовательностей, дифференциальной экспрессии и визуализации.