Появление вируса эпидемической диареи свиней в США: клинические признаки, поражения и последовательности генома вируса

В течение 10 дней с 29 апреля 2013 г. Лаборатория ветеринарной диагностики Университета штата Айова получила первые четыре из множества проб, поступивших из свиноводческих хозяйств, где стремительно распространялись вспышки диареи и рвоты среди свиней всех возрастов. Смертность среди подсосных поросят составляла 90–95%. При гистологическом исследовании выявлена выраженная атрофия ворсинок во всех отделах тонкой кишки; изредка обнаруживались синцитиальные клетки эпителия ворсинок. Результаты исследований на ротавирусы и вирус трансмиссивного гастроэнтерита свиней (Alphacoronavirus 1) были отрицательными. При электронной микроскопии фекалий с негативным контрастированием обнаружены частицы, напоминающие коронавирусы. Универсальная ПЦР для коронавирусов, предназначенная для амплификации консервативного участка гена полимеразы всех представителей семейства Coronaviridae, выявила ожидаемые ампликоны длиной 251 п. н. Секвенирование и анализ показали, что последовательности ампликонов, полученных от четырёх хозяйств, совпадали на 99,6–100%; их сходство с соответствующим участком гена полимеразы штаммов вируса эпидемической диареи свиней (PEDV) составляло 97–99%. Наибольшее сходство (99%) выявлено со штаммами из Китая, выделенными в 2012 г. Результаты подтвердили в Национальных ветеринарных лабораториях, где применили два вложенных ПЦР-теста для гена S и один — для гена N; секвенированные ампликоны также оказались наиболее близки к китайским штаммам 2012 г. Полные последовательности генома вируса, полученные для образцов из двух хозяйств в разных штатах методом секвенирования нового поколения, сравнили с последовательностями PEDV, доступными в GenBank. Сходство американского PEDV 2013 г. со всеми известными штаммами PEDV составляло 96,6–99,5%; наибольшее сходство (>99,0%) отмечено с некоторыми китайскими штаммами 2011–2012 гг. Почти одновременное возникновение вспышек и высокая степень сходства (99,6–100%) штаммов PEDV из четырёх не связанных между собой хозяйств указывают на общий источник вируса.