Сборка генома гриба-фитопатогена Pyrenophora semeniperda de novo

Pyrenophora semeniperda (анаморфа Drechslera campulata) — некротрофный грибной патоген семян с широким кругом хозяев среди злаков (Poaceae). Один из его хозяев — костёр кровельный (Bromus tectorum), чужеродный для США вид, распространившийся в природных экосистемах межгорного запада страны. Как естественный патоген костра кровельного, P. semeniperda может применяться для биологической борьбы благодаря способности уничтожать семена в почвенном банке; однако генетические ресурсы этого гриба пока немногочисленны. Представлена сборка генома изолята P. semeniperda, выполненная по данным пиросеквенирования 454. Общий размер сборки составляет 32,5 Мб; она включает 11 453 модели генов, кодирующих предполагаемые белки длиной более 24 аминокислот. Среди них представлены различные предполагаемые гены, участвующие в путях патогенеза, типичных для некротрофных грибов. При сравнении генома P. semeniperda с геномом родственного вида P. tritici-repentis выявлены многочисленные перестройки, в том числе меж- и внутрихромосомные.