Poppr: пакет R для генетического анализа популяций с клональным, частично клональным и/или половым размножением

Многие популяции микроорганизмов, грибов или оомицетов не соответствуют допущениям популяционно-генетического анализа, поскольку они клональны, смешанные, частично клональны и/или половым образом размножаются. Кроме того, существует мало инструментов, специально предназначенных для анализа данных клональных популяций, что делает такой анализ затруднительным и несистематичным. Мы разработали пакет R poppr, который предоставляет уникальные инструменты для анализа данных смешанных, клональных, смешанных и/или половых популяций. В настоящее время poppr можно использовать для генетических данных с доминантным/кодоминантным типом наследования и гаплоидных/диплоидных данных. Данные можно импортировать из нескольких форматов, включая текстовые файлы в формате GenAlEx, и анализировать на заданной пользователем иерархии, которая включает неограниченное число уровней подструктуры популяции и цензурирование клонов. Новые функции включают расчёт расстояния Бруво для микросателлитов, пакетный анализ индекса ассоциации с несколькими индексами генотипического разнообразия, а также построение графиков, включая дендрограммы с бутстреп-поддержкой и сети минимального остовного дерева. Хотя функции оценки генотипического разнообразия и цензурирования клонов специфичны для клональных популяций, ряд функций poppr также полезен при анализе любых популяций. Предоставляются руководство с документацией и примерами. Poppr — пакет с открытым исходным кодом; основные релизы доступны в CRAN: http://cran.r-project.org/package=poppr. Дополнительную документацию и учебные материалы можно найти в разделе resources по адресу: http://grunwaldlab.cgrb.oregonstate.edu/.