Пакет limma для анализа дифференциальной экспрессии в исследованиях RNA-секвенирования и микрочипов

limma — программный пакет R/Bioconductor, обеспечивающий комплексное решение для анализа данных экспериментов по изучению экспрессии генов. Он обладает широкими возможностями для работы со сложными экспериментальными дизайнами и заимствования информации, что позволяет преодолеть проблему малых размеров выборки. В течение последнего десятилетия limma широко применялся для поиска генов посредством анализа дифференциальной экспрессии по данным микрочипов и высокопроизводительной ПЦР. Пакет предоставляет особенно широкие возможности для считывания, нормализации и изучения таких данных. В последнее время функциональность limma была существенно расширена в двух важных направлениях. Во-первых, пакет теперь позволяет выполнять анализ дифференциальной экспрессии и дифференциального сплайсинга данных RNA-секвенирования (RNA-seq). Все инструменты последующего анализа, ранее предназначенные только для данных микрочипов, теперь доступны и для RNA-seq. Благодаря этому пользователи могут анализировать данные RNA-seq и микрочипов с применением практически одинаковых рабочих процессов. Во-вторых, пакет теперь позволяет выходить за рамки традиционного анализа экспрессии отдельных генов: изучать профили экспрессии по наборам ко-регулируемых генов или по экспрессионным сигнатурам более высокого порядка. Это расширяет возможности биологической интерпретации различий в экспрессии генов. В статье рассматриваются концепция и архитектура пакета limma, обобщаются его новые и ранее существовавшие функции с акцентом на недавние усовершенствования и возможности, не описанные в предыдущих публикациях.