HISAT: быстрый выравниватель сплайсированных последовательностей с низкими требованиями к памяти

HISAT (иерархическая индексация для сплайс-выравнивания транскриптов) — высокоэффективная система выравнивания прочтений, полученных при секвенировании РНК. HISAT использует схему индексации на основе преобразования Барроуза—Уилера и FM-индекса Феррагиной—Манцини, применяя для выравнивания два типа индексов: полногеномный FM-индекс для фиксации начального участка каждого выравнивания и многочисленные локальные FM-индексы для быстрого продолжения этих выравниваний. Иерархический индекс HISAT для генома человека содержит 48 000 локальных FM-индексов, каждый из которых представляет геномный участок размером около 64 000 п. н. Испытания на реальных и смоделированных наборах данных показали, что HISAT — наиболее быстрая из доступных в настоящее время систем, обеспечивающая точность, не уступающую точности других методов или превосходящую её. Несмотря на большое число индексов, HISAT требует всего 4,3 ГБ памяти. HISAT поддерживает геномы любого размера, в том числе содержащие более 4 млрд оснований.