Новые инструменты в R для анализа популяционно-генетических данных геномного масштаба с акцентом на клональность

Для детального понимания эволюции и адаптации микроорганизмов, связанных с растениями, к хозяевам, пестицидам и другим факторам необходимо знать популяционную динамику и эволюционную историю их популяций. Популяции фитопатогенов часто бывают клональными или частично клональными, что требует применения специальных аналитических инструментов. С появлением технологий высокопроизводительного секвенирования получение популяционно-генетических данных геномного масштаба стало доступнее. Ранее мы разработали пакет R poppr, предназначенный для решения задач анализа клональных популяций. В настоящей работе представлены несколько существенных расширений пакета poppr, ориентированных на большие массивы полногеномных данных о полиморфизмах одного нуклеотида (SNP). В частности, добавлены новые функции, включая mlg.filter для определения границ клонов, позволяющую исследовать и устанавливать критерии принадлежности к клональной линии; минимальные остовные сети с ретикулляциями; скользящий анализ индекса ассоциации; модульный бутстрэппинг для любой генетической дистанции; а также анализ на любом уровне иерархической структуры.