neuTube 1.0: новая архитектура программного обеспечения для эффективной реконструкции нейронов на основе формата SWC

Для картирования нейронных цепей необходимо цифровое восстановление морфологии нейронов в сложных сетях. Несмотря на недавний прогресс в разработке автоматизированных алгоритмов, реконструкция нейронных структур по-прежнему остаётся узким местом картирования нейронных цепей из-за нехватки программ, обеспечивающих одновременно эффективную реконструкцию и удобное редактирование. Мы представляем новую архитектуру программного обеспечения на основе формата SWC — стандартизованного формата для описания нейроморфологии, широко используемого при анализе морфологии нейронов и обмене реконструкциями через онлайн-архивы, такие как NeuroMorpho.org. На этой основе мы разработали программу с открытым исходным кодом neuTube 1.0. В соответствии с предложенной архитектурой программа поддерживает параллельную визуализацию в 2D и 3D, а также интуитивно понятные функции трассировки и редактирования нейронов. Это позволяет эффективно реконструировать нейроны по флуоресцентным изображениям и редактировать стандартные файлы нейронных структур, созданные любыми другими программами для реконструкции. Преимущества neuTube 1.0 показаны при сравнении с двумя другими программами — Neuromantic и Neurostudio. Программа доступна бесплатно по адресу http://www.neutracing.com; там же размещены полная документация и видеоуроки.