FISH-паттерны ALK и выявление слияний ALK методом секвенирования нового поколения при аденокарциноме лёгкого

Метод FISH с разделяющей пробой ALK одобрен FDA для выявления перестроек ALK у пациентов с раком лёгкого, которым могут быть полезны ингибиторы киназы ALK. Исследование методом FISH может быть технически сложным, а его результаты — трудными для интерпретации. В качестве альтернативы предложены иммуногистохимическое исследование ALK и секвенирование нового поколения (NGS). В этом исследовании мы сопоставили различные FISH-паттерны ALK с результатами выявления слияний генов методом NGS, иммуногистохимического исследования ALK (ИГХ) и оценкой ответа опухоли на кризотиниб. Положительный результат FISH получен в 72 (4%) из 2116 случаев аденокарциномы лёгкого. Среди 28 отобранных для исследования случаев с положительным результатом FISH в 15 (54%) наблюдался паттерн с разделённым сигналом, в 10 (36%) — с одиночным оранжевым сигналом, а в 3 (10%) — смешанный паттерн. Положительный результат NGS и ИГХ получен в 12 (80%) случаях с разделённым сигналом и в 4 (40%) случаях с одиночным оранжевым сигналом; во всех случаях со смешанным паттерном результаты были отрицательными. Анализ мутаций в случаях с расхождением результатов выявил множественные мутации, в том числе онкогенные мутации в генах EGFR, KRAS, BRAF и ATM. Во всех случаях с расхождением результатов при разделённом и смешанном паттернах доля клеток с перестройкой была ниже (в среднем 28,5%; диапазон 20,5–36,9%). Статистически значимой связи между ответом на кризотиниб и FISH-паттерном не выявлено (p=0,73). Напротив, при положительном результате NGS слияния чаще отмечался ответ на кризотиниб, чем при отрицательном (p=0,016). Результаты исследования позволяют предположить, что одного метода FISH может быть недостаточно для надёжного выявления перестроек гена ALK и что для выявления слияний и мутаций его, вероятно, следует применять в сочетании с ИГХ и NGS.