Разработка маркеров однонуклеотидных полиморфизмов для Bromus tectorum (Poaceae) на основе частично секвенированного транскриптома
Development of single-nucleotide polymorphism markers for Bromus tectorum (Poaceae) from a partially sequenced transcriptome
Аннотация
Предпосылки исследования: Bromus tectorum (Poaceae) — однолетний злак, инвазивный во многих регионах мира, особенно на западе Межгорного плато США. Для изучения пространственного и экологического разнообразия B. tectorum в этом регионе разработали маркеры однонуклеотидных полиморфизмов (SNP), чтобы лучше понять механизмы успешного распространения этого вида.
Методы и результаты: Нормализованные библиотеки кДНК, полученные от шести генетически разнообразных растений, объединили и секвенировали по технологии 454. Для генотипирования на платформе Fluidigm EP1 с использованием матриц 96.96 разработали 95 тестов на SNP. Приведены результаты проверки этих тестов при генотипировании 251 растения из 12 популяций, а также данные об амплификации у четырёх родственных видов рода Bromus.
Выводы: Разработанные маркеры SNP полиморфны в популяциях B. tectorum и оптимизированы для высокопроизводительного анализа; они могут применяться и у других родственных видов рода Bromus.
Переведем эту статью за 1 час
Загрузите PDF, а мы сделаем полный перевод, краткий конспект и красивую инфографику.
Попробовать бесплатно →Также в Подтеме: еженедельные литобзоры, база международных клинреков и конспекты свежих мед. статей и подкастов каждый день.