Microbiome Helper: специально разработанный и оптимизированный рабочий процесс для исследований микробиома

Методы изучения микробиома, основанные на анализе последовательностей, такие как секвенирование гена 16S рРНК и метагеномный анализ, выявляют связи между таксонами микроорганизмов и множеством факторов. Недостаток этих методов — сложность и постоянное изменение процедур подготовки библиотек для секвенирования и биоинформатического анализа, что может стать препятствием для исследователей, только начинающих работать в этой области. Мы представляем три необходимых компонента для проведения микробиомного исследования от начала до конца. Во-первых, упрощённый пошаговый протокол секвенирования генов, разработанный для конкретных задач: он требует минимального лабораторного оборудования, экономичен и тщательно апробирован на образцах разных типов. Во-вторых, набор скриптов, объединяющих распространённые биоинформатические инструменты; его можно установить отдельно или использовать в виде единого загружаемого виртуального образа. В-третьих, набор рабочих процессов и учебных материалов с пошаговыми инструкциями и обучением для тех, кто только начинает работать в области микробиома. Этот ресурс станет основой для начинающих исследователей и предоставит необходимые рекомендации и передовые практики, позволяющие проводить качественные исследования микробиома. Все протоколы, скрипты, рабочие процессы, учебные материалы и виртуальные образы бесплатно доступны на сайте Microbiome Helper (https://github.com/mlangill/microbiome_helper/wiki).

Значимость: По мере развития исследований микробиома всё больше учёных осваивают методы проведения таких исследований. Мы предлагаем оптимизированный подход к обработке образцов: от подробных инструкций по подготовке библиотек для секвенирования до пошаговых стандартных процедур биоинформатического анализа. Это позволяет быстро и надёжно анализировать микробиом, уделяя больше внимания планированию эксперимента и интерпретации результатов. Протоколы секвенирования, учебные материалы по биоинформатике и комплект программного обеспечения бесплатно доступны в Microbiome Helper. По мере развития исследований микробиома ресурс будет пополняться новыми протоколами, скриптами и учебными материалами.