Профилирование инфильтрирующих опухоль иммунных клеток с помощью CIBERSORT

Инфильтрирующие опухоль лейкоциты (TILs) являются неотъемлемым компонентом опухолевого микроокружения и, как показано, коррелируют с прогнозом и ответом на терапию. Методы количественной оценки иммунных субпопуляций, такие как иммуногистохимия или проточная цитометрия, ограничены особенностями фенотипических маркеров, а их практическая реализация и стандартизация могут быть затруднены. Альтернативный подход состоит в получении интегральных высокоразмерных данных из клеточных смесей с последующим вычислительным определением клеточного состава. Ранее мы описали CIBERSORT — универсальный вычислительный метод для количественной оценки долей клеток по профилям экспрессии генов цельной ткани (GEPs). Используя сочетание регрессии на опорных векторах с априорной информацией о профилях экспрессии очищенных субпопуляций лейкоцитов, CIBERSORT позволяет точно оценивать иммунный состав биоптата опухоли. В этой главе мы кратко излагаем метод CIBERSORT и демонстрируем его применение для характеристики TILs в образцах опухолей, профилированных с помощью микрочипов или RNA-Seq.