Секвенирование генома

Стратегии секвенирования грибных геномов на платформах секвенирования нового поколения (NGS) зависят от особенностей генома целевого вида, количества и качества геномной ДНК, а также стоимости исследования. Массово-параллельное секвенирование методом секвенирования синтезом (SBS) на платформах Illumina позволяет быстро и экономично получать терабазы коротких прочтений (около 300 п. н.), однако длина прочтений может ограничивать сборку генома, особенно в повторяющихся участках. Секвенирование отдельных молекул в реальном времени (SMRT) на платформе Pacific Biosciences (PacBio) обеспечивает более длинные прочтения (около 12 500 п. н.), что облегчает сборку de novo геномов, содержащих протяжённые повторяющиеся последовательности. Однако из-за меньшей пропускной способности платформы достижение покрытия, необходимого для сборки, обходится дороже, чем при использовании SBS. Кроме того, платформы Illumina для SBS позволяют работать с небольшим количеством геномной ДНК низкого качества, тогда как для системы SMRT необходимы неповреждённые длинные фрагменты ДНК, чтобы получить данные высокого качества. В этой главе обсуждаются обе платформы, включая основные критерии выбора.