Метагеномные данные о роли протеобактерий в микробиомах желудочно-кишечного тракта здоровых собак и кошек

Интерес к влиянию микробиоты желудочно-кишечного тракта на здоровье и благополучие распространился с человека на домашних животных. Хотя исследований микробиомов кишечника собак и кошек пока сравнительно мало, анализ метагеномной ДНК микробных сообществ фекалий с помощью технологий секвенирования нового поколения позволил получить данные о присутствующих микроорганизмах, их функциях и возможном вкладе в питание и здоровье хозяина. Как плотоядные животные, здоровые собаки и кошки имеют фекальную микробиоту, отражающую более высокое содержание белка и жира в их рационе по сравнению с рационом всеядных и растительноядных животных. Наиболее многочисленны типы Firmicutes и Bacteroidetes; также широко представлены Fusobacteria, Actinobacteria и Proteobacteria. Протеобактерии — наиболее разнообразный тип бактерий, часто встречающийся в фекальной микробиоте здоровых собак и кошек. Однако их репутация нередко страдает из-за того, что к этому типу относятся известные условно-патогенные микроорганизмы, в том числе Escherichia coli, Salmonella и Campylobacter, способные влиять на здоровье хозяина и его владельца. Кроме того, у представителей других видов животных высокая доля протеобактерий связана с дисбиозом при метаболических и воспалительных заболеваниях. В этом обзоре мы стремимся глубже изучить распространённость и роль протеобактерий в микробиомах желудочно-кишечного тракта здоровых собак и кошек. Мы опираемся на растущее число исследований, основанных на секвенировании метагеномной ДНК: они позволяют без культивирования изучать функции этой относительно малочисленной, но важной группы микроорганизмов в нормальной работе микробиома.