Анализ микробиома кишечника у собак и кошек

Микробиом кишечника представляет собой важный иммунный и метаболический орган. Бактерии кишечника вырабатывают различные метаболиты, влияющие на состояние кишечника и других органов, включая почки, головной мозг и сердце. Изменения микробиома при заболеваниях называют дисбиозом. Представления о дисбиозе постоянно развиваются и включают изменения разнообразия и/или структуры микробиома, а также функциональные нарушения, например изменение продукции бактериальных метаболитов. В настоящее время молекулярные методы являются стандартом анализа микробиома. Секвенирование микробных генов позволяет получить информацию о присутствующих бактериях и их функциональном потенциале, однако стандартизация и аналитическая валидация методов, а также единообразие представления результатов отсутствуют. Это затрудняет сопоставление результатов разных исследований и оценку динамики у отдельных пациентов. Индекс дисбиоза (DI) — валидированный метод количественной полимеразной цепной реакции для анализа образцов кала собак, позволяющий определить содержание семи важных бактериальных таксонов и представить результат в виде одного числа. Для собак установлены референсные интервалы; индекс дисбиоза можно использовать для оценки микробиома у пациентов в динамике и в ответ на лечение, например трансплантацию фекальной микробиоты. Гибридизация in situ и иммуногистохимическое исследование позволяют выявлять бактерии, прикреплённые к слизистой оболочке, и внутриклеточные бактерии у животных с заболеваниями кишечника, особенно при гранулематозном колите. Перспективным направлением является определение бактериальных метаболитов в кале или сыворотке как маркеров нормального функционирования микробиома. В статье обобщены различные подходы к анализу микробиоты кишечника и рассмотрена их применимость в научных исследованиях и клинической практике у собак и кошек.