Технологии секвенирования РНК отдельных клеток и конвейеры биоинформатического анализа

Быстрое развитие технологий секвенирования нового поколения (NGS) в последние годы позволило получить ценные сведения о сложных биологических системах — от геномики рака до разнообразных микробных сообществ. Технологии NGS для изучения геномики, транскриптомики и эпигеномики всё чаще применяются для характеристики отдельных клеток. Такой анализ позволяет выявлять новые и потенциально неожиданные биологические закономерности, которые остаются незаметными при традиционном анализе смешанных популяций. Например, секвенирование РНК отдельных клеток (scRNA-seq) позволяет обнаруживать сложные и редкие клеточные популяции, выявлять регуляторные взаимосвязи между генами и отслеживать траектории развития отдельных клеточных линий. В этом обзоре рассматриваются технические сложности выделения отдельных клеток и подготовки библиотек, а также доступные конвейеры вычислительного анализа данных scRNA-seq. Дальнейшее совершенствование молекулярно-биологических методов и доступных биоинформатических инструментов значительно облегчит применение этих технологий как в фундаментальных исследованиях, так и в медицине.