BEAST 2.5: усовершенствованная программная платформа для байесовского эволюционного анализа

В последние годы методы байесовского филогенетического вывода продолжают быстро развиваться; существенный прогресс достигнут практически во всех аспектах совместного моделирования эволюционных данных. Становится всё очевиднее, что на некоторые вопросы эволюционной биологии можно получить обоснованный ответ, только объединив данные из нескольких независимых источников: последовательности геномов, даты взятия образцов, фенотипические данные, радиоуглеродные датировки, сведения о находках ископаемых и биогеографических ареалах. Включение всех релевантных данных в единую модель представляет серьёзную концептуальную и вычислительную задачу. Важную роль в решении этой задачи сыграли современные программные пакеты, позволяющие надёжно разрабатывать совместимые подмодели и объединять их в полную иерархию моделей. Разработка таких программных платформ становится самостоятельным направлением научной деятельности и сопряжена с рядом трудностей: от проектирования, разработки и инженерной реализации программного обеспечения до статистического и концептуального моделирования. BEAST 2 — одна из таких вычислительных платформ; о ней впервые сообщили более четырёх лет назад. В этой статье описаны основные усовершенствования базовой платформы BEAST 2 и иерархии моделей, реализованные после первого выпуска программы и завершившиеся недавним выпуском версии 2.5.