Полногеномный эволюционный анализ нового коронавируса (2019-nCoV) опровергает гипотезу его возникновения в результате недавней рекомбинации

Введение: Недавно в китайском городе Ухань был выявлен новый коронавирус (2019-nCoV), связанный с передачей инфекции от человека человеку и тяжёлым течением заболевания. Целью исследования было охарактеризовать генетическое родство 2019-nCoV и выявить возможную рекомбинацию среди сарбековирусов.

Методы: Возможную рекомбинацию выявляли с помощью RDP4 и Simplot v3.5.1. Несогласованную филогенетическую кластеризацию отдельных фрагментов генома проверяли филогенетическим анализом методами максимального правдоподобия и Байесовскими методами.

Результаты: Анализ показал, что, несмотря на близкое родство 2019-nCoV с последовательностью BatCoV RaTG13 по всему геному (сходство последовательностей — 96,3%), его кластеризация с последовательностями коронавирусов летучих мышей, подобных SARS, различается в разных участках генома. В 5′-области, охватывающей первые 11 498 нуклеотидов, и в последнем 3′-участке (позиции 24 341–30 696) 2019-nCoV и RaTG13 образовали общий кластер с этими коронавирусами. В средней области, включающей 3′-конец ORF1a, ORF1b и почти половину гена S, 2019-nCoV и RaTG13 сгруппировались в отдельную, отдалённую линию внутри ветви сарбековирусов.

Выводы: Степень генетического сходства 2019-nCoV и RaTG13 позволяет предположить, что RaTG13 не является точным вариантом, вызвавшим вспышку среди людей, однако происхождение 2019-nCoV от летучих мышей весьма вероятно. Полученные данные свидетельствуют, что новый коронавирус не является мозаичным: почти половина его генома относится к отдельной линии внутри бетакоронавирусов. Эти особенности генома и их возможная связь со свойствами вируса и его вирулентностью у людей требуют дальнейшего изучения.