Геномная характеристика нового коронавируса человека, патогенного для человека, выделенного у пациента с атипичной пневмонией после посещения Уханя в 2019 году

В конце 2019 года загадочная вспышка атипичной пневмонии была связана с оптовым рынком морепродуктов в Ухане, Китай. Через несколько недель Всемирная организация здравоохранения объявила о новом коронавирусе, предварительно названном новым коронавирусом 2019 года (2019-nCoV). Мы провели биоинформационный анализ генома вируса у пациента с инфекцией 2019-nCoV и сравнили его с другими родственными геномами коронавирусов. В целом геном 2019-nCoV имеет 89% нуклеотидной идентичности с SARS-подобным коронавирусом летучих мышей SARS-CoVZXC21 и 82% — с человеческим SARS-CoV. Филогенетические деревья по orf1a/b, S-белку, белку оболочки, мембранному белку и нуклеокапсидному белку также группировались близко с деревьями коронавирусов SARS у летучих мышей, циветт и человека. Однако внешний субдомен домена связывания с рецептором S-белка 2019-nCoV имеет лишь 40% аминокислотной идентичности с другими SARS-родственными коронавирусами. Примечательно, что его orf3b кодирует совершенно новый короткий белок. Кроме того, новый orf8, по-видимому, кодирует секретируемый белок с альфа-спиралью, за которой следует бета-слой(и), содержащий шесть нитей. Учитывая роль циветты при SARS и верблюда при MERS, поиск животного источника 2019-nCoV и его более древнего вируса будет важен для понимания происхождения и эволюции этой новой линии B. Эти данные создают основу для дальнейшего изучения патогенеза, а также для оптимизации разработки диагностических, противовирусных и вакцинных стратегий для этой возникающей инфекции. бетакоронавирус