Предложение динамической номенклатуры линий SARS-CoV-2 для геномной эпидемиологии

Пандемическое распространение нового коронавируса человека SARS-CoV-2, вызывающего тяжёлое заболевание COVID-19, привело к получению десятков тысяч последовательностей генома вируса. Темпы их получения беспрецедентны, однако до сих пор нет единой общепринятой системы обозначения растущего филогенетического разнообразия SARS-CoV-2. Мы предлагаем рациональную динамическую номенклатуру вируса, основанную на филогенетическом подходе и позволяющую выделять линии, вносящие наибольший вклад в продолжающееся распространение. Чтобы систему было проще применять, мы ограничиваем число и глубину уровней иерархических обозначений, а линии, которые перестают выявляться и, вероятно, больше не активны, помечаем и исключаем из номенклатуры. Сосредоточение внимания на активно распространяющихся линиях и линиях, появляющихся в новых регионах, поможет отслеживать и понимать закономерности и факторы глобального распространения SARS-CoV-2.