Резистом и бактериальный микробиом пыли на европейских птицеводческих и свиноводческих фермах

Введение: Животноводческие фермы служат резервуаром бактерий, устойчивых к противомикробным препаратам, источником которых являются фекалии. Бактерии, содержащиеся в пыли, переносятся по помещению и могут попадать во внешнюю среду. Поэтому воздействие фермерской пыли может представлять опасность для животных, фермеров и проживающих поблизости людей. Хотя пыль является потенциальным путем передачи, о резистоме и бактериальном микробиоме фермерской пыли известно мало.

Цель: Описать резистом и бактериальный микробиом пыли на свиноводческих и птицеводческих фермах, их связь с резистомами и бактериальными микробиомами фекалий животных, а также с использованием противомикробных препаратов на ферме. Кроме того, была изучена связь между пылью и резистомом кала фермеров.

Методы: В исследовании EFFORT методом дробного метагеномного анализа определяли резистомы и бактериальные микробиомы внутрипомещенческой фермерской пыли, собранной с помощью электростатических пылеулавливателей, а также фекалий животных на 35 обычных бройлерных и 44 свиноводческих фермах полного цикла из девяти европейских стран. Анализ также включал 79 образцов кала фермеров, работавших или проживавших на 12 бройлерных и 19 свиноводческих фермах, и 46 образцов от лиц контрольной группы. Описывали относительную представленность и вариабельность резистома и бактериального состава фермерской пыли и сравнивали их с фекалиями животных и калом фермеров.

Результаты: Резистом фермерской пыли содержал большое разнообразие генов устойчивости к противомикробным препаратам, причем их было больше, чем в фекальном резистоме животных. И у птиц, и у свиней состав резистомов пыли частично происходил из фекалий животных: между резистомами пыли и фекалий выявлена значимая корреляция. Бактериальный микробиом пыли также значимо коррелировал с составом резистома пыли. Выявлена положительная связь между использованием противомикробных препаратов у животных на ферме и общей представленностью резистома пыли. Профессиональное воздействие пыли свиноводческих ферм или фекалий животных может способствовать формированию резистома фермеров, однако в этом исследовании не выявлено выраженного смещения резистома фермеров в сторону резистомов фекалий или пыли.

Выводы: Резистомы пыли на птицеводческих и свиноводческих фермах богаты и многочисленны, а их состав связан с фекальным резистомом животных и бактериальным микробиомом пыли.