Анализ молекулярного докинга рутина указывает на возможное ингибирование жизненно важных белков SARS-CoV-2

Введение и цель: COVID-19 возникла в конце 2019 года в Ухане (Китай). К середине апреля 2020 года инфекция распространилась по всему миру и стала чрезвычайной ситуацией в области общественного здравоохранения. Флавоноиды представляют собой специализированные метаболиты, обладающие антимикробными, в том числе противовирусными, свойствами. Рутин — имеющий важное медицинское значение флавоноид, относящийся к одному из наиболее эффективных классов природных антиоксидантов. Он обладает антипротозойной, антибактериальной и противовирусной активностью. Учитывая антимикробный потенциал рутина, авторы изучили его способность ингибировать жизненно важные белки SARS-CoV-2, включая главную протеазу (M), РНК-зависимую РНК-полимеразу (RdRp), папаиноподобную протеазу (PL) и S-белок, с использованием различных методов in silico.

Методы: Молекулярный докинг, расчёт константы ингибирования и водородных связей, а также прогнозирование свойств ADMET выполняли с использованием различных программ.

Результаты и выводы: Исследование молекулярного докинга показало значимое связывание рутина с белками M, RdRp, PL и S SARS-CoV-2. Из этих четырёх белков наиболее сильное связывание наблюдалось с белком M: минимальная энергия связывания составила −8,9 ккал/моль. Комплекс стабилизировался водородными связями длиной от 1,18 до 3,17 Å, а также гидрофобными взаимодействиями. Согласно прогнозу, рутин обладает оптимальной растворимостью и не проявляет токсичных или канцерогенных свойств. Расчётные значения константы ингибирования рутина в отношении жизненно важных белков SARS-CoV-2 находились в диапазоне от 5,66 до 6,54 мкМ, что указывает на его перспективность в качестве лекарственного средства. Полученные данные позволяют предположить, что рутин в качестве самостоятельной добавки или в комбинации с другими средствами может использоваться для борьбы с COVID-19 после проведения детальных исследований in vitro и in vivo.