Выявление мутаций спайкового белка SARS-CoV-2, снижающих нейтрализацию моноклональными антителами и антителами сыворотки

Нейтрализующие антитела к спайковому белку (S) SARS-CoV-2 являются одной из целей вакцин против COVID-19; препараты на их основе также получили разрешение на экстренное применение в качестве средств терапии. Однако мутанты вируса, ускользающие от иммунного ответа, могут снизить эффективность этих подходов. Чтобы выявить мутации S-белка, отбираемые под давлением иммунного ответа, химерный вирус VSV-eGFP-SARS-CoV-2-S, в котором гликопротеин вируса везикулярного стоматита заменён S-белком, подвергли воздействию 19 нейтрализующих моноклональных антител к рецептор-связывающему домену (RBD) и получили 50 различных мутантов, ускользающих от нейтрализации. Для каждого моноклонального антитела был характерен собственный профиль устойчивости, хотя многие мутации затрагивали общие аминокислотные остатки в пределах эпитопа RBD. Некоторые варианты, например S477N, были устойчивы к нейтрализации несколькими моноклональными антителами, тогда как другие, например E484K, ускользали от нейтрализации сыворотками реконвалесцентов. Кроме того, последовательный отбор выявил мутанты, устойчивые к нейтрализации комбинациями антител. Сопоставление мутаций, отобранных антителами, с вариантами последовательности циркулирующих штаммов SARS-CoV-2 выявило замены, способные ослаблять нейтрализующий иммунный ответ у некоторых людей; эти мутации требуют дальнейшего изучения.