От дельта до омикрона: равновесие мутаций и делеций в S1-RBD/S2 у выделенных вариантов SARS-CoV-2

Коронавирусный тяжёлый острый респираторный синдром (SARS-CoV) в 2002–2003 годах, ближневосточный респираторный синдром (MERS-CoV) в 2012–2013 годах и особенно текущая пандемия тяжёлого острого респираторного синдрома, вызванного вирусом SARS-CoV-2, в 2019–2021 годах негативно сказались на устойчивости национальных систем здравоохранения во всём мире. Вирус SARS-CoV-2 относится к линии B бета-коронавирусов и демонстрирует значительное филогенетическое сходство с BatCoVRaTG13. Выступы шиповидного гликопротеина S, состоящие из субъединиц S1 и S2, формируют на поверхности вириона характерную короноподобную структуру. С функциональной точки зрения субъединица S1 содержит основной рецептор-связывающий домен (RBD), тогда как S2 участвует в механизме слияния мембран вируса и клетки. 26 ноября 2021 года ВОЗ отнесла новый штамм SARS-CoV-2, названный омикроном по букве «омикрон» греческого алфавита, к вариантам, вызывающим обеспокоенность (вариант B.1.1529). Потенциально этот новый вариант характеризуется высокой трансмиссивностью, что приводит к повышению заразности и, вероятно, увеличению частоты повторных инфекций. Его влияние на заболеваемость и смертность ещё изучается. В настоящей работе при анализе и сравнении изменений последовательностей РНК S-гена SARS-CoV-2 у выделенных вариантов от альфа до омикрона выявлены интересные особенности равновесия мутаций и делеций в S1-RBD/S2, которые могут влиять на активность вируса и изменять её.