Выявление слияний генов методом таргетного секвенирования нового поколения: сравнительная оценка

Введение: Слияния генов при раке лёгкого представляют собой перспективные мишени для противоопухолевой терапии. Поэтому для их выявления необходимы надёжные методы, способные обнаруживать различные слияния генов.

Методы: Оценили пять коммерчески доступных панелей для параллельного секвенирования на способность выявлять слияния генов в восьми клеточных линиях и 18 образцах тканей, фиксированных формалином и залитых парафином (FFPE), с различными известными слияниями генов. Сравнили четыре тест-системы на основе РНК и одну на основе ДНК. Две системы использовали гибридизационный захват — TruSight Tumor 170 Assay (Illumina) и SureSelect XT HS Custom Panel (Agilent), три — ампликонный метод: Archer FusionPlex Lung Panel (ArcherDX), QIAseq RNAscan Custom Panel (Qiagen) и Oncomine Focus Assay (Thermo Fisher Scientific).

Результаты: Тест-система Illumina выявила все исследованные слияния и дала наименьшее число ложноположительных результатов. В панелях ArcherDX и Qiagen не было выявлено лишь по одному событию слияния. Среди тест-систем на основе РНК наибольшее число ложноположительных результатов дала панель Qiagen. Oncomine Focus Assay (Thermo Fisher Scientific) оказалась наименее подходящей для поставленных задач: панель не охватывала семь слияний, а ещё два результата были классифицированы как неопределённые. Тест-система на основе ДНК SureSelect XT HS Custom Panel (Agilent) не выявила три слияния; ещё девять были обнаружены только одной версией программного обеспечения. Кроме того, отмечено много ложноположительных результатов.

Выводы: Тест-системы параллельного секвенирования, особенно основанные на анализе РНК, перспективны для надёжного выявления слияний генов, пригодных для таргетной терапии, в клинической диагностике.