Филогения основных линий и эволюция Apioideae (Apiaceae): новые данные филогеномного анализа пластомов

Традиционные филогении, построенные на основе фрагментов хлоропластной ДНК, не позволили получить достаточно разрешённую картину эволюционной истории основных линий Apioideae — крупнейшего подсемейства семейства Apiaceae. В настоящем исследовании с помощью метода геномного сканирования и секвенирования нового поколения изучали, обусловлена ли недостаточная разрешённость конечных ветвей филогенетического дерева Apioideae ограниченным числом информативных локусов или отражает древнюю радиацию. Было проанализировано 90 полных хлоропластных геномов, включая 23 впервые секвенированных генома и охватывая 20 основных клад Apioideae. Для реконструкции филогении Apioideae применяли RAxML и MrBayes. С помощью BEAST также провели датирование, чтобы оценить время возникновения и дивергенции основных клад. В результате ранние этапы дивергенции Apioideae были уточнены, однако взаимоотношения между кладами, ветвящимися на дистальных участках (группа A), удалось установить лишь частично; короткие внутренние ветви указывают на сценарий древней радиации. Предполагается, что четыре основные клады — Tordyliinae I, Pimpinelleae I, Apieae и Coriandreae — возникли в результате захвата хлоропластов, обусловленного ранней гибридизацией, о чём свидетельствует несоответствие между филогенетическими деревьями, построенными на основе хлоропластной ДНК и ядерной рДНК. Кроме того, вариабельное и вложенное расположение участков соединения большой однокопийной области (LSC) и области инвертированных повторов B (IR B) в группе A может отражать неполную сортировку линий внутри этой группы, что, вероятно, способствовало неясности филогенетических взаимоотношений между данными кладами при анализе пластомов. Анализ молекулярных часов показал, что захват хлоропластов происходил преимущественно в среднем и позднем миоцене, что позволяет связать эволюцию Apioideae с определёнными геологическими и климатическими условиями. B