Ядерное филогеномное исследование порядка миртовых (Myrtales): возможности и ограничения универсального набора зондов Angiosperms353

Введение: Для углубления представлений о богатом видами, экономически и экологически важном порядке покрытосеменных миртовых (Myrtales), относящемся к кладе розид и включающем девять семейств, около 400 родов и почти 14 000 видов, распространённых на всех континентах, кроме Антарктиды, мы протестировали набор зондов Angiosperms353.

Методы: Для оценки выборки из 485 видов, относящихся к 305 родам (76% всех родов порядка), мы объединили высокопроизводительное секвенирование и обогащение целевых последовательностей с использованием набора зондов Angiosperms353.

Результаты: Получена наиболее полная на сегодняшний день филогенетическая гипотеза для этого порядка. Родственные связи на всех таксономических уровнях, включая взаимоотношения между рано обособившимися семействами, часто соответствуют данным предыдущих исследований, однако выявлены конфликты между генными деревьями, а ранее считавшиеся неопределёнными взаимоотношения во многих случаях таковыми и остаются. Также обсуждаются технические аспекты обработки данных высокопроизводительного секвенирования.

Выводы: Высокопроизводительное секвенирование и набор зондов Angiosperms353 — мощные инструменты филогеномного анализа, однако для выявления генов и генеалогий генов, отражающих вероятную неполную сортировку линий и/или события гибридизации, необходимо лучше понимать доступные генетические данные.