Для спектральной классификации микропластика необходимо сообщество открытого исходного кода: на помощь приходит Open Specy!
Microplastic Spectral Classification Needs an Open Source Community: Open Specy to the Rescue!
Аннотация
Исследования загрязнения микропластиком сталкиваются с недостатком данных и инструментов для спектральной классификации (рамановской и инфракрасной). Инструменты сопоставления спектров зачастую недостаточно точны для идентификации микропластика и слишком дороги. Низкая точность обусловлена разнообразием загрязнителей-микропластиков, которые не представлены в спектральных библиотеках. В качестве решения мы предлагаем Open Specy — программный продукт, доступный в интернете (www.openspecy.org) и в виде пакета для R. Open Specy распространяется бесплатно и позволяет просматривать, обрабатывать, идентифицировать спектры и делиться ими с сообществом через общую библиотеку. Пользователи могут загружать и обрабатывать спектры с помощью сглаживания (фильтр Савицкого—Голея) и методов полиномиальной коррекции базовой линии (IModPolyFit). Обработанный спектр можно скачать для использования в других приложениях или идентифицировать с помощью встроенной библиотеки эталонных спектров и критериев сопоставления на основе корреляции. Функции Open Specy для обмена данными и ведения журнала сеанса обеспечивают воспроизводимость результатов. Open Specy содержит постоянно расширяющуюся библиотеку эталонных спектров, которая всё полнее отражает разнообразие микропластиков как комплекса загрязнителей. Мы сравнили функциональность и точность Open Specy при идентификации микропластика с показателями распространённых программ для анализа спектров. Open Specy оказался единственным программным продуктом с открытым исходным кодом и единственным программным продуктом с библиотекой, наполняемой сообществом; его точность была сопоставима с точностью популярных программ OMNIC Picta и KnowItAll. Дальнейшее развитие повысит точность спектральной идентификации по мере расширения библиотеки эталонных спектров и функциональности благодаря спектрам, предоставленным сообществом, и коду, разработанному сообществом. Open Specy также можно применять за пределами анализа микропластика. Исходный код Open Specy распространяется по лицензии CC-BY-4.0, предусматривающей только указание авторства (https://github.com/wincowgerDEV/OpenSpecy).
Переведем эту статью за 1 час
Загрузите PDF, а мы сделаем полный перевод, краткий конспект и красивую инфографику.
Попробовать бесплатно →Также в Подтеме: еженедельные литобзоры, база международных клинреков и конспекты свежих мед. статей и подкастов каждый день.