Пространственные технологии транскриптомики и протеомики для деконволюции микроокружения опухоли

Микроокружение опухоли отличается неоднородным составом и играет ключевую роль в опухолеобразовании, метастазировании и лекарственной устойчивости. Поэтому его деконволюция приобретает всё большее значение для всех направлений исследований и лечения рака. Новые высокомультиплексные технологии молекулярного профилирования с пространственным разрешением быстро развиваются и становятся мощными инструментами углублённого изучения микроокружения опухоли, поскольку позволяют одновременно профилировать множество белков и РНК, сохраняя ценную пространственную информацию. Основываясь на практическом опыте, авторы рассматривают различные доступные пространственные протеогеномные технологии, включая 10X Visium, GeoMx Digital Spatial Profiler (DSP), методы CODEX и Multi-Omyx на основе циклической иммунофлуоресценции, а также методы на основе масс-спектрометрии: визуализирующую масс-спектрометрию (IMS) и мультиплексную ионно-лучевую визуализацию (MIBI). Кроме того, обсуждаются FISSEQ, MERFISH, Slide-seq и HDST; некоторые из этих технологий в ближайшем будущем могут стать коммерчески доступными. Особое внимание уделено DSP для пространственного протеогеномного профилирования: на основании собственного опыта авторы подробно рассматривают его уникальные возможности, разработанные для иммуноонкологии, и высказывают предположения о направлениях дальнейшего развития. Новые пространственные технологии быстро меняют представления о микроокружении опухоли.