Расширение набора мишеней: повышение полноты восстановления локусов с помощью набора зондов Angiosperms353

Предпосылки: Универсальные наборы для обогащения целевых последовательностей должны быть эффективны для широкого спектра эволюционно удалённых таксонов и при этом содержать как можно меньше зондов, чтобы оставаться экономически выгодными. Набор Angiosperms353 успешно применяют для захвата локусов у покрытосеменных, однако стандартный референсный файл содержит последовательности лишь 6–18 таксонов на локус. Поэтому прочтения целевых молекул ДНК могут не картироваться на референсные последовательности, что уменьшает число целевых прочтений, доступных для сборки, и снижает полноту восстановления локусов.

Методы: Мы расширили файл целевых последовательностей Angiosperms353, добавив данные 566 транскриптомов, и создали файл «mega353», в котором каждый локус представлен последовательностями 17–373 таксонов. В анализах HybPiper этот файл можно непосредственно использовать вместо исходного файла Angiosperms353. Мы также предоставляем инструменты для формирования подвыборок файла по выбранным пользователем группам таксонов и для добавления данных других транскриптомов или наборов белок-кодирующих генов.

Результаты: По сравнению со стандартным файлом Angiosperms353 файл mega353 в среднем увеличил долю целевых прочтений на 32%, число локусов, восстановленных не менее чем на 75% длины, — на 49%, а суммарную длину конкатенированных локусов — на 29%.

Выводы: Увеличение таксономической представленности референсного файла повышает полноту восстановления локусов при захвате целевых последовательностей. Файл mega353 и сопутствующие скрипты доступны по адресу: https://github.com/chrisjackson-pellicle/NewTargets.