Анализ состояния хроматина на уровне отдельных клеток с помощью Signac

Развитие экспериментальных методов измерения состояния хроматина на уровне отдельных клеток обусловило потребность в вычислительных инструментах для анализа таких наборов данных. Мы разработали Signac — комплексный инструментарий для анализа одноклеточных данных о хроматине. Signac обеспечивает полный анализ таких данных, включая выявление пиков, количественную оценку, контроль качества, снижение размерности, кластеризацию, интеграцию с одноклеточными данными об экспрессии генов, анализ мотивов ДНК и интерактивную визуализацию. Благодаря полной совместимости с пакетом Seurat Signac упрощает анализ разнообразных мультимодальных одноклеточных данных о хроматине, включая наборы данных, в которых одновременно оцениваются доступность ДНК, экспрессия генов, содержание белков и митохондриальный генотип. Мы продемонстрировали возможность масштабирования Signac для анализа наборов данных, содержащих более 700 000 клеток.