Одноклеточное, одноядерное и пространственное секвенирование РНК печени человека выявляет гетерогенность холангиоцитов и мезенхимальных клеток

Ключевые функции печени человека обеспечиваются взаимодействием паренхиматозных и непаренхиматозных клеток. Последние достижения методов транскриптомного анализа отдельных клеток позволили изучать печень человека с беспрецедентно высокой разрешающей способностью. Однако изменения клеток, связанные с их диссоциацией, могут препятствовать полноценному анализу паренхиматозной фракции печени и ограничивать возможности всесторонней характеристики этого органа. Мы представляем транскрипционный профиль 73 295 клеток печени человека, полученный с помощью сопоставленного одноклеточного секвенирования РНК (scRNA-seq) и одноядерного секвенирования РНК (snRNA-seq). Дополнение одноклеточного анализа одноядерным позволило охарактеризовать межзональные гепатоциты на уровне отдельных клеток, выявить редкие подтипы мезенхимальных клеток печени и обнаружить клетки-предшественники холангиоцитов, которые ранее наблюдали только в экспериментах по дифференцировке in vitro. При этом Т- и В-лимфоциты, а также естественные киллеры поддавались различению только при использовании scRNA-seq, что подчёркивает важность применения обеих технологий для получения полной карты клеточных типов, присутствующих в ткани. Различное пространственное распределение популяций гепатоцитов, холангиоцитов и мезенхимальных клеток было подтверждено с помощью независимого набора данных пространственной транскриптомики и иммуногистохимии. Выводы: Наше исследование содержит систематическое сравнение транскриптомов, выявляемых с помощью scRNA-seq и snRNA-seq, и представляет карту паренхиматозных клеточных популяций здоровой печени человека с высоким разрешением.