Вариант омикрон (B.1.1.529): заразность, прорывная инфекция после вакцинации и устойчивость к антителам

Появление нового варианта коронавируса SARS-CoV-2 — омикрона (B.1.1.529) — вызвало волну паники во всём мире из-за его высокой заразности и мутаций, позволяющих обходить защиту вакцин. Заразность варианта SARS-CoV-2 и его устойчивость к антителам определяются мутациями в рецептор-связывающем домене (RBD) белка шипа (S). Однако полная экспериментальная оценка омикрона может занять недели или даже месяцы. В этой работе представлен всесторонний количественный анализ заразности омикрона, прорывных инфекций после вакцинации и устойчивости к антителам. Модель искусственного интеллекта, обученная на десятках тысяч экспериментальных данных и прошедшая обширную проверку по результатам экспериментов с SARS-CoV-2, показала, что омикрон может быть более чем в 10 раз заразнее исходного вируса и примерно в 2,8 раза заразнее варианта дельта. Анализ 185 трёхмерных структур комплексов антител с RBD показал, что вероятность ускользания омикрона от действия существующих вакцин может составлять 88%. Одобренные Управлением по контролю качества пищевых продуктов и лекарственных средств США (FDA) моноклональные антитела компании Eli Lilly могут существенно утратить активность. Омикрон также может снизить эффективность моноклональных антител компаний AstraZeneca и Celltrion, коктейля антител Regeneron и антител Университета Рокфеллера. При этом влияние варианта на эффективность сотровимаба компании GlaxoSmithKline, по-видимому, невелико. Полученные результаты указывают на необходимость разработки новых подходов к созданию вакцин и антител следующего поколения, устойчивых к мутациям SARS-CoV-2.