Оптимизация и оценка эффективности двуцепочечного зонда для ПЦР в реальном времени
Optimization and performance evaluation of double-stranded probe in real-time PCR
Аннотация
Введение: Зондовая ПЦР в реальном времени (qPCR/RT-qPCR) широко применяется в различных областях благодаря высокой чувствительности и специфичности. Однако зонды TaqMan дают относительно высокий фоновый сигнал, что может отрицательно влиять на результаты анализа.
Методы: Для высокочувствительного выявления ДНК вируса гепатита B (ВГВ) и РНК коронавируса тяжелого острого респираторного синдрома 2 (SARS-CoV-2) с помощью qPCR/RT-qPCR были разработаны двуцепочечные зонды (DSPs). Исходные двуцепочечные зонды (ODSPs) состоят из комплементарных олигонуклеотидов разной длины — положительной и отрицательной цепей. Систематически оптимизировали длину ODSPs, свободную энергию гибридизации (ΔG) комплементарных олигонуклеотидов и длину липких концов; характеристики новых DSPs сравнивали с характеристиками зондов других типов.
Результаты: Аналитические характеристики DSPs значительно улучшились при использовании положительной и отрицательной цепей сходной длины, значении ΔG гибридизации комплементарных олигонуклеотидов около −30 ккал/моль и длине липких концов 4–6 нт. По сравнению с зондами других типов DSPs обеспечивают более сильный флуоресцентный сигнал и более высокую чувствительность.
Выводы: DSPs могут повысить чувствительность выявления и частоту обнаружения образцов с низкой концентрацией мишени при молекулярной диагностике.
Переведем эту статью за 1 час
Загрузите PDF, а мы сделаем полный перевод, краткий конспект и красивую инфографику.
Попробовать бесплатно →Также в Подтеме: еженедельные литобзоры, база международных клинреков и конспекты свежих мед. статей и подкастов каждый день.