Филогеномный анализ вспышки вируса оспы обезьян (MPXV) 2022 года: возникновение новой вирусной линии?

Оспа обезьян — зоонозное заболевание с клиническими проявлениями, сходными с натуральной оспой у человека. С 13 мая 2022 года сообщается о растущем числе предполагаемых и подтверждённых случаев заболевания в неэндемичных регионах по всему миру. Более того, данные текущей вспышки указывают на особенности динамики передачи инфекции, включая беспрецедентную, быстро расширяющуюся и устойчивую передачу в сообществах. Как показала продолжающаяся пандемия COVID-19, геномный надзор стал важным инструментом мониторинга и отслеживания эволюции патогенов, имеющих значение для общественного здравоохранения. В настоящей работе проведён филогеномный анализ доступных геномов вируса оспы обезьян (MPXV) для изучения его эволюции и разнообразия. Анализ показал, что все геномы MPXV распределялись по трём монофилетическим кладам: двум ранее описанным и новой формирующейся кладе, включающей геномы из продолжающейся многострановой вспышки 2022 года. Эта клада насчитывала 286 геномов, относящихся к кладе hMPXV-1A и впервые классифицированным линиям A.1 (n = 6), A.1.1 (n = 1), A.2 (n = 3) и B.1 (n = 262); при этом линия B.1 включала все геномы MPXV, полученные во время вспышки 2022 года. Наконец, было рассчитано, что линия B.1 этой клады возникла в Европе 2 марта 2022 года [95% ДИ: с 13 ноября 2021 года по 10 мая 2022 года]. Исключительно быстрый рост числа случаев и расширение географии распространения указывают на многофакторную природу текущей динамики вспышки. К таким факторам могут относиться прекращение вакцинации против натуральной оспы и возможное распространение инфекции в определённых сетях. Объединение соответствующей эпидемиологической информации с данными геномного надзора позволит получать информацию в режиме реального времени и принимать оптимальные решения в сфере общественного здравоохранения для внедрения надлежащих мер профилактики и контроля, направленных на сдерживание этой вспышки.