GTDB-Tk v2: классификация с эффективным использованием памяти на основе базы данных геномной таксономии
GTDB-Tk v2: memory friendly classification with the genome taxonomy database
Аннотация
Резюме: База данных геномной таксономии (GTDB) и связанный с ней инструментарий таксономической классификации (GTDB-Tk) широко используются в микробиологии. Однако увеличение размера опорного дерева бактерий GTDB привело к тому, что для работы GTDB-Tk требуется значительный объём памяти — около 320 ГБ, что ограничивает распространение и удобство использования этого инструмента. В обновлённой версии GTDB-Tk применяется подход «разделяй и властвуй»: сначала пользовательские геномы размещаются в опорном дереве бактерий, содержащем представителей семейств, а затем — в соответствующем поддереве уровня классов, включающем представителей видов. Это существенно снижает требования GTDB-Tk к памяти при минимальном влиянии на результаты классификации.
Доступность и реализация: GTDB-Tk реализован на языке Python и распространяется по лицензии GNU General Public License версии 3.0. Исходный код и документация доступны по адресу: https://github.com/ecogenomics/gtdbtk.
Дополнительная информация: Дополнительные данные доступны онлайн на сайте Bioinformatics.
Переведем эту статью за 1 час
Загрузите PDF, а мы сделаем полный перевод, краткий конспект и красивую инфографику.
Попробовать бесплатно →Также в Подтеме: еженедельные литобзоры, база международных клинреков и конспекты свежих мед. статей и подкастов каждый день.