EFI-EST, EFI-GNT и EFI-CGFP: веб-ресурс Инициативы по изучению функций ферментов (EFI) с инструментами геномной энзимологии

Инициатива по изучению функций ферментов (EFI) предоставляет веб-ресурс с инструментами геномной энзимологии, использующими базы данных белков (UniProt) и геномов (Европейский архив нуклеотидов; ENA; https://www.ebi.ac.uk/ena/), чтобы помочь установить ферментативную активность in vitro и метаболические функции in vivo у неохарактеризованных ферментов (https://efi.igb.illinois.edu/). Инструменты позволяют: (1) исследовать связь между последовательностью и функцией в семействах ферментов с помощью сетей сходства последовательностей (SSN; EFI-EST); (2) получать информацию о геномном окружении белков бактерий, архей и грибов, входящих в кластеры SSN, чтобы выявлять изофункциональные семейства и определять их функции по геномному окружению (EFI-GNT); (3) оценивать распространённость кластеров SSN в метагеномах проекта NIH Human Metagenome Project с помощью химически направляемого функционального профилирования (EFI-CGFP). Описаны усовершенствования, позволяющие строить SSN для таксономических категорий и тем самым проводить более детальный анализ связи между последовательностью и функцией; приведены примеры построения SSN для отдельных таксономических категорий.