Анализ малых интерферирующих РНК вирусного происхождения у растений земляники, одновременно заражённых несколькими вирусами и их генотипами

Растения могут заражаться несколькими вирусами. Высокопроизводительное секвенирование позволило выявить множество случаев заражения несколькими штаммами, когда одно растение инфицировано более чем одним штаммом вируса или генетически различающимся вариантом вирусного генома. В этой работе исследовали малые интерферирующие РНК (siRNA) одного растения земляники, одновременно заражённого несколькими штаммами вируса крапчатости земляники (SMoV), вируса скручивания земляники (SCV) и вируса земляники 1 (StrV-1). Также изучили несколько растений, заражённых подмножествами исходных видов и штаммов вирусов; заражение передавали тлями. С помощью высокопроизводительного секвенирования охарактеризовали фракции малых РНК, связанные с различными генотипами этих трёх вирусов, и выявили участки вирусных геномов с повышенным накоплением малых РНК. Сопоставление количества вирус-специфичных малых интерферирующих РНК (vsiRNA) с относительной концентрацией вирусов не выявило устойчивого соответствия. Штаммы SMoV, концентрации которых существенно различались, сопровождались сопоставимым количеством vsiRNA. Кроме того, оценка специфичности siRNA к различным штаммам показала, что значительная часть vsiRNA могла быть направлена против всех штаммов SMoV, тогда как штаммоспецифичные vsiRNA преимущественно были направлены против рабдовирусов SCV и StrV-1. Это свидетельствует о сложности противовирусного ответа и возможном взаимном влиянии его компонентов в одном растении при одновременном присутствии нескольких вирусов.