Дискордантные результаты определения статуса ALK при немелкоклеточном раке лёгкого: подробная переоценка с сопоставлением иммуногистохимии, FISH и секвенирования нового поколения

Определение статуса ALK проводили у 2813 пациентов с немелкоклеточным раком лёгкого без мутаций EGFR, одновременно применяя иммуногистохимическое исследование (антитела VENTANA® anti-ALK D5F3, Roche Molecular Systems, Inc., Роткройц, Швейцария) и флуоресцентную гибридизацию in situ (FISH) с разрывным зондом ALK и зондом для выявления слияния ALK/EML4 (ZytoVision, Бремерхафен, Германия). Выявлено 33 случая дискордантных положительных результатов (FISH-положительный, иммуногистохимическое исследование отрицательное) и 17 случаев дискордантных отрицательных результатов (FISH-отрицательный, иммуногистохимическое исследование положительное). Цель исследования — переоценить использованные методы и сопоставить дискордантные образцы с образцами, в которых результаты обоих методов были положительными, чтобы выяснить причины различий. Изучали и сравнивали варианты сигналов FISH. Среди дискордантных положительных случаев в 41,4% проанализированных образцов выявлен один вариант перестройки, в 48,3% — два, в 10,3% — три; для них были характерны большее разнообразие выявленных вариантов и большее число увеличений количества копий. Среди образцов с согласованно положительными результатами один вариант перестройки выявлен в 82%, два — в 17,8%, три — в 0,6%. Связь между числом вариантов и согласованностью или дискордантностью результатов была статистически значимой (p < 0,05). Секвенирование нового поколения (NGS) выполнили для 11 дискордантных положительных случаев и двух случаев с согласованно отрицательными результатами; слияние выявлено в одном дискордантном положительном случае и двух дискордантных отрицательных случаях. Положительная экспрессия белка, независимо от результата FISH, чаще соответствовала положительному результату NGS, чем положительный результат FISH при отсутствии экспрессии белка. В части случаев без экспрессии белка анализ FISH выявлял атипичные или гетерогенные варианты перестройки, которые могут быть связаны с более обширными генетическими изменениями, а не с истинной перестройкой.