Спектр возбудителей и особенности коинфекции по данным комплексного эпидемиологического надзора за пациентами с острыми респираторными инфекциями в постковидную эпоху в Шэньчжэне (Китай)

Введение: Долгосрочное влияние пандемии COVID-19 на распределение респираторных возбудителей в Китае оставалось неизвестным. Цель исследования — определить спектр возбудителей и особенности коинфекции у пациентов с острыми респираторными инфекциями (ОРИ) в постковидную эпоху в Шэньчжэне (Китай).

Методы: Многоцентровое поперечное исследование проводили с 1 ноября 2022 г. по 30 июня 2023 г. среди пациентов с ОРИ, обратившихся в пять дозорных больниц Шэньчжэня. Образцы из дыхательных путей исследовали методом целевого секвенирования нового поколения для высокопроизводительного выявления 108 респираторных возбудителей. Для оценки взаимодействий между возбудителями на индивидуальном уровне построили многоэтапные модели логистической регрессии.

Результаты: Медианный возраст 1890 включённых в исследование пациентов составил 31,8 года (межквартильный размах 23,7–45,2). Возбудитель выявлен у 84,0% (1587/1890) пациентов, коинфекция — у 41,4% (782/1890). Наибольшая доля выявления вирусов отмечена у детей младше 5 лет, а бактерий — у детей школьного возраста: 78,0% (99/127) и 65,5% (114/127) соответственно. Тремя наиболее часто выявляемыми вирусными возбудителями были вирус гриппа, SARS-CoV-2 и риновирус человека; бактериальными — Haemophilus influenzae, Staphylococcus aureus и Streptococcus pneumoniae. Наиболее частыми сочетаниями при коинфекции были S. pneumoniae и H. influenzae (4,6%; 86/1890), вирус гриппа и S. aureus (4,5%; 85/1890), а также вирус гриппа и H. influenzae (3,3%; 62/1890). У амбулаторных пациентов чаще, чем у госпитализированных, выявляли вирус гриппа, энтеровирус, SARS-CoV-2, H. influenzae, S. aureus и S. pneumoniae. У госпитализированных пациентов чаще выявляли вирус парагриппа человека, метапневмовирус человека, Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter baumannii, Mycoplasma pneumoniae и Legionella pneumophila. До, во время и после пандемии COVID-19 пятью наиболее распространёнными вирусными возбудителями у госпитализированных детей в Шэньчжэне были респираторно-синцитиальный вирус, вирус гриппа, вирус парагриппа человека, аденовирус человека и риновирус человека. Между вирусами выявляли конкурентные взаимодействия: например, при сочетании вируса гриппа с SARS-CoV-2 отношение шансов (ОШ) составило 20,3 (95% доверительный интервал [ДИ] 7,2–57,0), а с риновирусом человека — 7,2 (95% ДИ 3,5–15,0). Между бактериями отмечали синергические взаимодействия, например при сочетании Moraxella catarrhalis и S. pneumoniae (ОШ = 0,3; 95% ДИ 0,2–0,5).

Выводы: Спектр возбудителей различался в зависимости от возраста, наличия пневмонии и типа случая. Взаимодействия между вирусами носили конкурентный характер, а между бактериями — синергический.