Быстрая дифференциация вакцинного и дикого вируса кори во время вспышки с помощью нового молекулярного теста

Введение: Различение дикого и вакцинного штаммов вируса кори необходимо для надлежащего реагирования системы здравоохранения во время кампаний по вакцинации в период вспышек. Секвенирование, применяемое в настоящее время в качестве стандартного метода, дорого, требует много времени и доступно только специализированным лабораториям. Для решения этих проблем мы разработали и внедрили новый дифференциальный тест на основе ОТ-ПЦР в реальном времени.

Методы: Мы разработали двухэтапный дифференциальный тест. На первом этапе (MRRV) различают вирус краснухи, дикий вирус кори и вакцинный штамм вируса кори. На втором этапе, названном «MeV differential», определяют генотипы A (вакцинный), B и D.

Результаты: Тест выявляет 10–50 копий на реакцию и классифицирует клинические образцы с низким уровнем сигнала (Cq > 32) с точностью 100% по сравнению с секвенированием гена N, принятым за эталонный метод. Тест оценили более чем на 4000 клинических образцов, исследованных ретроспективно и во время вспышки кори в Израиле в 2025–2026 годах. Около 9% исследованных образцов содержали вакцинный штамм. В муниципалитетах, где проводились активные кампании по вакцинации, выявляли значительно больше случаев обнаружения вакцинного штамма (более 10 в каждом), чем в муниципалитетах с плановой вакцинацией (1–2 случая). Ретроспективный анализ образцов за 2018–2024 годы выявил циркуляцию штаммов генотипов B и D. Новый тест также позволил выявить случаи двойного инфицирования — контакта с диким штаммом незадолго до вакцинации или вскоре после неё.

Выводы: Новый тест оказался полезен как для диагностики, позволяя целенаправленно и эффективно организовать ответные меры системы здравоохранения, так и для эпидемиологического надзора, предоставляя ценную информацию в режиме реального времени. По сравнению с секвенированием, принятым за эталонный метод, тест быстрее, дешевле и лучше подходит для высокопроизводительного анализа.