Филогенетические взаимоотношения видов Thiomicrospira и их идентификация в образцах глубоководных гидротермальных источников методом денатурирующего градиентного гель-электрофореза фрагментов 16S рДНК

Для изучения генетического разнообразия микробных сообществ гидротермальных источников, в частности определения роли сероокисляющих бактерий, применяли денатурирующий градиентный гель-электрофорез (ДГГЭ) амплифицированных методом ПЦР фрагментов 16S рДНК. При анализе двух образцов гидротермальных источников в одном случае выявили одну полосу амплификации, а в другом — три; вероятно, они соответствовали доминирующим бактериальным популяциям этих сообществ. Были секвенированы три из четырёх фрагментов 16S рДНК. При сравнении с последовательностями 16S рРНК из Проекта рибосомной базы данных два разделённых методом ДГГЭ фрагмента отнесли к роду Thiomicrospira. Для более детальной идентификации этих «филотипов» была создана филогенетическая схема на основе определения почти полной последовательности гена 16S рРНК (около 1500 нуклеотидов) у трёх описанных видов Thiomicrospira — Tms. crunogena, Tms. pelophila и Tms. denitrificans — и нового изолята Thiomicrospira sp. штамма MA2-6. Все виды Thiomicrospira, кроме Tms. denitrificans, образовали монофилетическую группу в составе гамма-подразделения протеобактерий. Tms. denitrificans отнесли к эпсилон-подразделению; этот вид имел лишь отдалённое родство с другим сероокисляющим микроорганизмом — Thiovulum. Последовательности двух доминирующих фрагментов 16S рДНК, полученных методом ДГГЭ, относились к гамма-подразделению рода Thiomicrospira. Последовательность одного из фрагментов во всех сопоставимых участках была идентична последовательности 16S рРНК Tms. crunogena. Идентификация доминирующего молекулярно выявленного типа как Tms. crunogena указывает, что этот вид является значимым представителем сообществ гидротермальных источников. Другой «филотип» представлял новый вид Thiomicrospira, занимавший в филогенетическом отношении промежуточное положение между Tms. crunogena и Tms. pelophila. Третий «филотип» идентифицировали как Desulfovibrio, что указывает на возможное экологическое дополнение серо- и сульфидокисляющих бактерий сульфатредуцирующими бактериями, служащими источником сульфида в этих гидротермальных источниках, где образуется сульфид.