Профилирование сложных микробных сообществ методом электрофореза в денатурирующем градиенте геля амплифицированных полимеразной цепной реакцией генов 16S рРНК

Описан новый молекулярный подход к анализу генетического разнообразия сложных микробных сообществ. Метод основан на разделении электрофорезом в денатурирующем градиенте геля (DGGE) фрагментов генов 16S рРНК, амплифицированных полимеразной цепной реакцией и имеющих одинаковую длину. Анализ различных микробных сообществ с помощью DGGE выявил до 10 различимых полос на электрофореграмме, которые, вероятнее всего, соответствовали такому же числу видов, входящих в состав этих сообществ, и формировали их профиль DGGE. Мы показали, что можно идентифицировать компоненты, составляющие всего 1% общей численности сообщества. С помощью олигонуклеотидного зонда, специфичного к области V3 16S рРНК сульфатредуцирующих бактерий, отдельные фрагменты ДНК некоторых микробных сообществ удалось идентифицировать методом гибридизационного анализа. Анализ геномной ДНК бактериальной биоплёнки, выращенной в аэробных условиях, свидетельствует о присутствии в этой среде сульфатредуцирующих бактерий, несмотря на их анаэробный образ жизни. Полученные результаты показывают, что этот метод позволит лучше понять генетическое разнообразие неохарактеризованных микробных сообществ.