Праймеры ITS с повышенной специфичностью к базидиомицетам: применение для идентификации микориз и ржавчинных грибов

Мы разработали два таксон-селективных праймера для области внутреннего транскрибируемого спейсера (ITS) в составе ядерного рибосомного повтора. Праймеры ITS1-F и ITS4-B предназначены соответственно для специфичной амплификации ДНК грибов и базидиомицетов. Специфичность этих праймеров оценивали на 13 видах аскомицетов, 14 видах базидиомицетов и 15 видах растений. Праймер ITS4-B в паре либо с «универсальным» праймером ITS1, либо с грибоспецифичным праймером ITS1-F эффективно амплифицировал ДНК всех базидиомицетов и позволял отличить её от ДНК аскомицетов. Результаты для растений были менее однозначными. Пара праймеров ITS1-F/ITS4-B давала небольшое количество продукта ПЦР для некоторых видов растений, однако в большинстве случаев его было меньше, чем при использовании «универсальных» праймеров ITS. Однако в условиях присутствия ДНК растений и грибов одновременно амплифицировалась преимущественно грибная ДНК, практически без амплификации растительной ДНК. Преимущественная амплификация с помощью ITS1-F/ITS4-B оказалась особенно полезной для выявления и анализа базидиомицетного компонента в эктомикоризах и тканях, поражённых ржавчинными грибами. Эти праймеры можно использовать для изучения структуры эктомикоризных сообществ или распространения ржавчинных грибов на альтернативных растениях-хозяевах.